Istilah candi dalam bahasa Indonesia sering kali digunakan secara umum untuk menyebut seluruh peninggalan arkeologi bercorak Hindu-Buddha, padahal secara fungsi, bentuk, dan makna, bangunan-bangunan tersebut memiliki perbedaan yang cukup jelas. Candi pada dasarnya merujuk pada bangunan suci sebagai tempat pemujaan atau sebagai bangunan memorial untuk raja atau tokoh penting yang telah wafat. Pada bangunan ini biasanya terdapat ruang pemujaan berisi arca serta struktur bangunan bertingkat yang terdiri dari kaki, tubuh, dan atap. Sementara itu, stupa merupakan bangunan bercorak Buddha yang menandai penyimpanan relik suci dan menjadi objek pradaksina atau ritual mengelilingi. Bentuknya tidak memiliki ruang dalam dan umumnya berbentuk genta atau kubah. Jika candi berkaitan dengan pemujaan dan fungsi ritual yang bersifat internal, stupa justru menjadi simbol spiritual tanpa aktivitas masuk ke dalam bangunan.
Berbeda dengan dua jenis bangunan tersebut, petirtaan adalah bangunan yang berfungsi sebagai tempat pemurnian dengan menggunakan air. Struktur ini berupa kolam, pancuran, atau bak suci yang digunakan dalam ritual pembersihan diri maupun upacara keagamaan tertentu. Petirtaan biasanya dibangun di dekat mata air karena air dipandang suci dan memiliki kekuatan simbolik dalam tradisi Hindu-Buddha. Selain ketiga jenis bangunan itu, terdapat pula istilah situs yang merupakan istilah arkeologis generik untuk menyebut lokasi temuan, baik berupa bangunan suci, pemukiman, struktur kecil, atau temuan lepas seperti fragmen batu dan bata. Situs tidak merujuk pada bentuk tertentu, melainkan pada tempat ditemukannya tinggalan arkeologi.
Penggunaan kata candi sebagai istilah yang mencakup semua bentuk peninggalan tersebut terjadi karena penyederhanaan bahasa dan pengaruh tradisi penelitian kolonial pada abad ke-19 hingga awal abad ke-20. Pada masa itu, para peneliti Eropa menggunakan istilah candi untuk hampir semua bangunan kuno bercorak Hindu-Buddha di Jawa. Istilah tersebut kemudian terbawa ke dalam literatur pendidikan dan dipakai secara luas oleh masyarakat hingga sekarang. Pemakaian istilah umum ini menunjukkan adanya pergeseran makna, tetapi dalam kajian akademik perbedaan fungsi dan bentuk bangunan tetap perlu diperhatikan agar interpretasi arkeologis lebih tepat.
